Въведено е и регулярно се провежда единственото в страната целогеномно секвениране на SARS-CoV-2 за епидемиологични цели. Участва активно в противоепидемичната дейност, свързана с пандемията от COVID-19, включително с координацията и провеждането на дейностите по секвенирането на SARS-CoV-2, наблюдението и анализирането на вирусните варианти, които се въвеждат и разпространяват в страната.
Геномните секвенции получени от секвенирането на SARS-CoV-2 се въвеждат в световните бази данни GISAID, за да са достъпни за глобалната научна общност, а данните за вирусните варианти се публикуват на сайта на НЦЗПБ, за да са на разположение на Министерството на здравеопазването за взимане на навременни и адекватни мерки за ограничаване на пандемията в България.
Извършва се диагностика на SARS-CoV-2 с метода Real Time RT-PCR. Доказани са първите за страната два случая на инфекция със SARS-CoV-2 на 08.03.2020 г. Всички резултати се изпращат по електронен път в деня на получаване на пробите. Оказва се методична помощ на създаваните в страната COVID-19 лаборатории и се извършва потвърдително тестване на първите във всяка лаборатория 5 положителни и 10 отрицателни проби, както и на проби със съмнителни резултати.
По направлението се осъществи пилотно проучване на постваксиналния имунен отговор при едни от първите ваксинирани срещу COVID-19 медицински работници. Провеждат се проучвания върху серопревалирането на SARS-CoV-2 при здрави медицински работници, които не са ваксинирани и не са боледували, за определяне относителния дял на безсимптомните инфекции. Продължават изследванията на болни в острата фаза за определяне на вирусния товар на SARS-CoV-2, както и проследяване на специфичния имунен отговор във времето.
Центърът участва в разработването на иновативен метод с висока чувствителност и специфичност за ранна диагностика на COVID-19 на базата на бърза и количествена детекция на специфични SARS-CoV-2 структурни антигени чрез биосензори, базирани на принципа на повърхностен плазмонен резонанс (Surface Plasmon Resonans – SPR).
Изследванията върху разработения тест продължават в посока оценка на приложимостта на метода за епидемиологичен и медицински скрининг (до леглото на болния (РОСТ)).